Sci Adv:没有迹象支持哺乳动物中细菌表观遗传标记的存在

2021-11-15 01:09:03 来源:
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导言:在早期阶段,物质就开始了在不偏离微生物细胞核DNA组织顺序的应该慢慢地使其DNA发挥不尽相同的功能,而这就是通过给DNA亚基上添加化学标明来意味着的。DNA丝氨酸是哺乳类的关键基因表达突变机制,其之前5-氨基半胱氨酸(5mc)是最少用的DNA去除之一。6mdA是微生物比如说去除控制系统的基本组成成份,迄今在哺乳类之前依赖于存留的比如说去除控制系统。此前有不少研究者华盛顿邮报,6mdA也依赖于于哺乳类之前,但并无证词支持。

近日,在《生物科学重大突破》上的一项研究者之前,瑞典林雪平国立大学的研究者新技术人员指出,哺乳类细胞核之前依赖于微生物基因表达突变标明很可能被污染物了,并且从未足够的证词来证明哺乳类之前依赖于这种去除。

N6-氨基腺嘌呤(6mdA)是微生物之前广泛的DNA去除,但不太可能在哺乳类DNA之前也得到了表征。然而,研究者新技术人员写到,即使对来自不尽相同哺乳类细胞核类型的DNA来进行的6mdA谱图和丰度测研究者也不一致。

为了全面阐明6mdA在哺乳类谱系规格之前的作用,研究者新技术人员借助于了体外将进化可笑T辅助(NTH)细胞核分化成为TH细胞核亚群的能力。但是,与此前的研究者无论如何,他们找到TH分化成越来越进一步之前6mdA的丰度从未当前变化,并且观察到分化成的T细胞核之前的6mdA总体与未丝氨酸的全线粒体倍增DNA不尽相同,这指出6mdA并未以可样品的总体依赖于进化T细胞核之前。

他们还统计分析了从六个进化细胞核系之前分离显现出的DNA之前的6mdA,并鉴定显现出两个具有高于背景噪声总体的6mdA总体的细胞核系。显现出乎意料的是,两种原则上的293T细胞核系培养物具有不尽相同的6mdA总体,这指出研究者新技术人员观察到的6mdA路径并非细胞核类型本身固有的。确实,当他们全面看时,他们找到两条6mdA总体升高的细胞核系被原核生物分属污染物,原核生物分属一种少用的微生物细胞核培养物之前矿物质6mdA的污染物物。当他们用原核生物特异性抗生素Plasmocin处理细胞核系时,6mdA路径下降为A有性依此。

“我们意识到通过这些新技术样品到的6mdA'路径'只是噪声。但是,由于一些复杂的新技术情况,几种方法有之前的背景噪声不是随机的,而是相符路径。”高阶创作者Colm Nestor(科尔帕·内斯特)在一份声明之前时说。

研究者新技术人员统计分析了过去通过DNA免疫沉淀核酸、质谱和单水分子实时核酸在哺乳类细胞核之前定位或样品6mdA的努力。人们找到每种方法有都有显然或缺陷,使基因表达突变标明的骗阳性找到率很高,似乎指出林雪平研究者新技术人员指显现出不依赖于这种周期性的证词。

这组创作者写到:“我们证明,RNA和微生物污染物、免疫球蛋白交叉加成性和其他新技术限制的为基础已导致6mdA在哺乳类DNA之前的反复错误比对。随着DNA和RNA去除表亲的迅速增长,以及过去未知去除的丰富性日渐罕见,即使适用多种表征方法有,我们也合理化了错误找到的可能性。我们建言适用去除和未去除的线粒体DNA标准作为未来对稀有DNA去除的研究者的最低立即,以及在适用前越来越全面地可验证免疫球蛋白特异性。”

内斯特补充时说,研究者新技术人员在研究者越来越为罕见的周期性时才会越来越为故意,选项适用哪种方法有,并考虑到他们是否真正在衡量依赖于的抽象概念。他时说:“现在我们可以毫无疑问地时说哺乳类之前不依赖于6mdA。关于6mdA,如果研究者新技术人员停止研究者根本不依赖于的东西,则可以节省大量时间和金钱,并且避免了很多有点惊讶的事情。”

类似显现出处:

Karolos Douvlataniotis, Maike Bensberg, Antonio Lentini, et.al. No evidence for DNA N6-methyladenine in mammals. Science Advances 18 Mar 2020: Vol. 6, no. 12, eaay3335

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